Hướng dẫn sử dụng hệ thống

Hệ thống cho phép bạn tải lên ảnh MRI cột sống thắt lưng, tự động phân tích bằng các mô hình AI (TotalSpineSeg, SpineNet/SpineNetV2) và xuất ra bảng kết quả tổn thương theo từng mức đĩa đệm/đốt sống.

Quy trình sử dụng hệ thống (dành cho người dùng)

1. Bước 1 – Chuẩn bị dữ liệu MRI

   Chuẩn bị ảnh MRI cột sống thắt lưng của bệnh nhân ở một trong hai định dạng: DICOM (nhiều file trong một thư mục hoặc .zip) hoặc NIfTI (.nii hoặc .nii.gz).

   Lưu ý: nên sử dụng chuỗi xung đứng dọc vùng thắt lưng – cùng (ví dụ: T2W sagittal) để hệ thống đánh giá chính xác.

2. Bước 2 – Tải dữ liệu lên hệ thống

   Truy cập mục Analyze và sử dụng vùng “Drag & drop NIfTI / ZIP file here”:

   • Kéo thả file .nii, .nii.gz hoặc .zip vào vùng upload, hoặc
   • Nhấn để chọn file từ máy tính.

   Nếu bạn tải lên file .zip, hệ thống sẽ tự kiểm tra xem đó có phải DICOM series hợp lệ hay không và hiển thị thông báo tương ứng.

3. Bước 3 – Chuyển đổi DICOM (nếu cần)

   Nếu file .zip là một DICOM series, hệ thống hiển thị cửa sổ xác nhận “DICOM archive detected”:

   • Chọn Convert để chuyển DICOM → NIfTI trước khi phân tích.
   • Sau khi chuyển đổi, tên file NIfTI mới sẽ được hiển thị ở vùng chọn file.

   Bước này đảm bảo tất cả dữ liệu đầu vào đều ở định dạng NIfTI thống nhất trước khi chạy mô hình AI.

4. Bước 4 – Khởi động quá trình phân tích

   Sau khi đã chọn xong file NIfTI, nhấn nút “Start analysis” để bắt đầu pipeline phân tích.

   Hệ thống sinh một Job ID mới, hiển thị thẻ Processing Status và bắt đầu lần lượt các bước xử lý (upload, chuyển đổi, khởi tạo model, phân đoạn, nhận dạng bất thường, xuất kết quả…).

5. Bước 5 – Theo dõi tiến trình xử lý

   Trong thẻ Processing Status, bạn có thể:

   • Theo dõi thanh progress bar (% hoàn thành).
   • Xem chi tiết từng bước trong bảng Step Details (thời gian bắt đầu, kết thúc, trạng thái OK/RUNNING/ERROR).
   • Kiểm tra tổng trạng thái của job qua mục overall status.

   Thời gian xử lý phụ thuộc độ lớn file MRI và tốc độ mô hình (CPU/GPU).

6. Bước 6 – Xem bảng kết quả tổn thương (Lesion Table)

   Khi job hoàn tất, hệ thống sẽ hiển thị thêm thẻ Lesion Table (editable):

   • Mỗi dòng tương ứng với một mức cột sống/đĩa đệm (Level: L1–L2, L2–L3,…).
   • Các cột thể hiện các đặc trưng thoái hóa, hẹp ống sống, herniation, Modic…
   • Bảng cho phép chỉnh sửa trực tiếp các giá trị (Pfirrmann 1–5, Narrowing 1–4, Central Canal Stenosis 1–4, các cột khác dạng 0/1).

   Ô JSON preview cho phép bạn xem nhanh toàn bộ dữ liệu lesions ở dạng JSON – chính là nội dung sẽ được gửi lại cho backend khi lưu chỉnh sửa.

7. Bước 7 – Lưu chỉnh sửa và xuất báo cáo

   Sau khi chỉnh lại các giá trị theo đánh giá của bác sĩ, bạn có thể:

   • Nhấn Save changes để gửi dữ liệu lesions đã chỉnh lên Python API, hệ thống sẽ ghi ra các file lesions_edited.json, lesions_edited.csv,… cho ca bệnh tương ứng.
   • Nhấn Reset from server để tải lại dữ liệu lesions ban đầu do AI sinh ra.

   Các file CSV/JSON này có thể dùng để xuất báo cáo, phân tích thống kê hoặc làm dữ liệu đầu vào cho các mô hình AI đa phương thức khác.

8. Bước 8 – Xem lại các ca đã phân tích

   Tại mục History, hệ thống hiển thị danh sách các job đã chạy:

   • Job ID, thời gian bắt đầu, trạng thái.
   • Các file sinh ra trong job: sub-01_T2TSE.nii.gz, lesions.json, lesions.csv, lesions_text.json, status.json,…

   Từ đây, bạn có thể chọn lại một job cụ thể để tải file kết quả hoặc tái sử dụng dữ liệu trong nghiên cứu.